Hầu hết các doanh nghiệp sẽ phải sử dụng hóa đơn có mã của cơ quan thuế, có nghĩa là hóa đơn khi phát hành sẽ gửi đến Hệ thống của Tổng cục thuế cấp mã sau đó mới gửi cho khách hàng
Chỉ có một số lĩnh vực đặc thù như điện lực, xăng dầu, bưu chính viễn thông, nước sạch, tài chính tín dụng, bảo hiểm, y tế, kinh doanh thương mại điện tử, kinh doanh siêu thị, thương mại, vận tải hàng không, đường bộ, đường sắt, đường biển, đường thủy và đáp ứng điều kiện hạ tầng công nghệ thông tin như có hệ thống phần mềm kế toán, phần mềm lập hóa đơn điện tử đáp ứng lập, tra cứu hóa đơn điện tử, lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử theo quy định và bảo đảm việc truyền dữ liệu hóa đơn điện tử đến người mua và đến cơ quan thuế thì được sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, không phân biệt giá trị từng lần bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ
Hiện tại hầu hết các doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử chỉ lưu hóa đơn điện tử theo định dạng PDF là chưa đúng quy định, bắt buộc phải lưu hóa đơn theo định dạng văn bản XML.